2019-2020年是德国足球协会第九十届球会期,也是第四十八届德国足球甲级联赛。由于冠状病毒疫情的影响,这个赛季从8月22日开始,原定于7月18日开赛,并在5月16日结束,而不是4月25日。最初,原计划从6月19日到9月26日之间进行,但在疫情爆发前一天宣布延迟至8月22日再次开赛。
沙尔克04的主教练是德国人马塞林·施泰因和尤斯图斯·蒂德曼,而他们于2019年4月26日结束合同后,俱乐部于同年5月8日宣布由哈兰德·莫伦比(Hans-Jörg Heckel)担任球队的临时首席教练。5月22日,德国足球协会宣布了德甲赛季初期的赛程和结果。6月9日,俱乐部宣布他们与前阿森纳教练乌韦·诺伊斯在合同到期后达成一致意见,这使得他成为德甲历史上首位获得两张红牌的外籍主教练。8月26日,沙尔克04在对阵多特蒙德的比赛中以1-3失利,以至于降级至德乙联赛。在2020年2月23日对阵卡尔斯鲁厄的比赛后,球队积累了六连败,自2019年3月起总共遭遇18场比赛中的12场负面结果,而当时他们以两球之差被多特蒙德击败后,他们在积分榜上排名倒数第一。在此期间,俱乐部的运动员和工作人员中出现了多例新冠病毒检测为阳性。因此,球队于3月13日宣布进入自我隔离状态,并且他们的主教练乌韦·诺伊斯在当天被确诊感染。5月6日,沙尔克04俱乐部宣布了他们决定解除了首席教练乌韦·诺伊斯的合同。由于冠状病毒疫情的影响,这个赛季从8月22日开始,并且原本计划在10月4日结束,而不是4月25日。但是,由于德甲联赛因疫情爆发而一度停摆,因此最终宣布将推迟至5月15日后再次开赛。沙尔克04在球队最后两场比赛中分别以0-1和3-2击败沃尔夫斯堡和法兰克福,总算避免了降级,但是他们仅以积分相同,但进球数差于卡尔斯鲁厄排名倒数第二,因此必须参加附加赛。然而,这场附加赛在德甲联赛冠军拜仁慕尼黑的主场对阵科隆后才开始,因为两队积满积分后,必须再进行一次附加比赛,以决出这场附加赛的胜者。但是,由于冠状病毒疫情严重到令德国政府不得不在11月2日宣布全国进入紧急状态,因此德甲联赛最终决定在10月27日结束,而不是5月16日。因此,沙尔克04在积满积分后直接升级至2020-21赛季的德乙联赛。这是由于卡尔斯鲁厄因积满积分和进球数同时超过科隆而获得了冠军,且他们积满积分和进球数也高于沙尔克04,但最后两场比赛均未能取得胜利。因此,他们必须参加附加赛,而沙尔克04则以积满积分和进球数分别低于卡尔斯鲁厄和科隆而直接升级至2020-21赛季的德乙联赛。在5月27日宣布后,俱乐部于6月3日宣布由前门兴96主教练托马斯·雷斯特(Thomas Reis)担任球队的临时首席教练。然而,由于冠状病毒疫情严重到令德国政府不得不在11月2日宣布全国进入紧急状态,因此沙尔克04最终决定由法国人保罗·韦因斯(Paul Weber)担任球队的首席教练,且他的助理是前卡尔斯鲁厄球员安德烈亚斯·格吕特维茨(Andreas Greutert)。
在2020-21赛季开始后,由于冠状病毒疫情严重到令德国政府不得不在11月2日宣布全国进入紧急状态,因此沙尔克04最终决定与前门兴96教练托马斯·雷斯特签订了一份临时合同。然而,俱乐部很快又决定让前卡尔斯鲁厄主教练保罗·韦因斯担任球队的首席教练。因此,他于2020年10月14日抵达了比勒陀利亚并且接手了球队。在当时,俱乐部已经连续六场比赛在客场失利,并且积满积分和进球数都排名倒数第一。在此期间,首席教练保罗·韦因斯也被冠状病毒感染。但是,他很快就康复并且于11月5日率领球队在主场以1-4战胜了阿尔高联队,这使得他们结束了六场比赛的失利。由于俱乐部在德乙联赛中积满积分排名倒数第一,因此沙尔克04最终决定解除了首席教练保罗·韦因斯的合同,并且由德国人马塞林·施泰因担任球队的临时首席教练。然而,俱乐部很快又决定让前门兴96主教练托马斯·雷斯特再次率领球队。在2021年2月8日对阵波鸿的比赛中,沙尔克04以4-0大胜,并且结束了四场比赛的失利。然而,在本赛季他们最后两场比赛中分别以0-3和0-4战败于法兰克福和卡尔斯鲁厄后,他们最终在积满积分排名倒数第一,而进球数也是倒数第二而降级至2021-22赛季的德丙联赛。在2022年1月31日宣布后,俱乐部于3月17日宣布由前奥地利国家足球队主教练马尔科·施托尔茨担任球队的首席教练。然而,由于冠状病毒疫情严重到令德国政府不得不在11月2日宣布全国进入紧急状态,因此沙尔克04最终决定由法国人保罗·韦因斯率领球队再次参加2021-22赛季的德丙联赛。因此,他于2021年8月13日接手了球队,且他的助理是前卡尔斯鲁厄主教练安德烈亚斯·格吕特维茨。他们率领球队在德丙联赛中取得不错的表现,并最终获得了降级附加赛资格。在2022年5月21日对阵图勒的比赛后,沙尔克04以1-3战胜了图勒并且取得了积满积分和进球数之首,最后又在德丙联赛冠军艾伦斯比亨的主场对阵艾森施塔特的比赛中,以2-0大获全胜,因此获得了2022-23赛季的德乙联赛升级资格。因此,他们取得了两年后的德乙联赛升级资格。在俱乐部宣布后,首席教练保罗·韦因斯再次率领球队参加2022-23赛季的德乙联赛,并且他在当时已经是俱乐部历史上执教时间最长的主教练。他们成功地避开了降级,并取得了积满积分之首,而最后两场比赛也分别以3-0和5-1战胜了霍芬海希伦和多特蒙德,且获得了总冠军。这是俱乐部历史上首次在德乙联赛中获得总冠军,因此他们成功地升级至2023-24赛季的二分之一决赛。在俱乐部宣布后,由于俱乐部历史上首次获得总冠军,因此首席教练保罗·韦因斯率领球队参加2022-23赛季的德乙联赛冠军赛,并且他在当时已经是俱乐部历史上执教时间最长的主教练。然而,后来又决定让前奥地利国家足球队主教练马尔科·施托尔茨率领球队参加2022-23赛季的德乙联赛冠军赛。这使得首席教练保罗·韦因斯率领的球队在俱乐部宣布后,参加了2022-23赛季的德乙联赛冠军赛,而不是前奥地利国家足球队主教练马尔科·施托尔茨率领的球队。